Durant la première décennie de la Société historique de Saint-Boniface (SHSB), une collection d'objets s'est constitué à partir des artefacts trouvés lors des expéditions au lac des Bois à la recherche du fort Saint-Charles. C'est au printemps 1939 que la SHSB établissait un musée au sous-sol de la Cathédrale de Saint-Boniface. Les objets et artefacts en exposition provenaient de sources différentes, souvent des dons de divers individus ou organismes. C'est donc progressivement que la collection de la SHSB s'est développée. En 1959, l'abbé Antoine D'Eschambault lance une campagne en faveur de la transformation de l'ancienne maison vicariale des Soeurs Grises en musée. Cette campagne porte fruit en 1964 et le Musée de Saint-Boniface ouvre ses portes en juin 1967. Cependant, un incendie à la Cathédrale de Saint-Boniface en 1968 détruit une partie de la collection d'objets de la SHSB. Une autre partie a trouvé refuge à l'Hôtel de Ville de Saint-Boniface ainsi qu'au poste de pompiers de Saint-Boniface. En 1970, la SHSB entrepose et expose ses objets au Musée de Saint-Boniface. Lorsque la SHSB se voit confier la gestion de la Maison Riel en 1979, quelques uns de ses objets y sont mis en exposition. Une autre partie importante de sa collection est logée au Collège de Saint-Boniface où la SHSB occupait alors des locaux. Vers 1980, la SHSB entreprend le cataloguage de ses objets et tente tant bien que mal d'en retracer la provenance. Vers 1997, avec la construction du Centre du Patrimoine, la SHSB décide de se départir de sa collection d'objets de musée en les confiant, pour une large part à d'autres musées du Manitoba. Ainsi, plusieurs objets ont soit été donnés à diverses institutions, et d'autres ont été vendus aux enchères par J. Wachniak & Sons.