Le premier Collège de Saint-Boniface aurait été fondé au dix-neuvième siècle par Mgr Norbert Provencher. Ce dernier cherchait à former de futurs prêtres. L'éducation des jeunes garçons est tout d'abord assurée par le clergé séculier jusqu'à l'arrivée des Frères des écoles chrétiennes en 1854. Cependant, cette communauté ne reste que quelques années à la Rivière-Rouge et sont rapatriés en France en 1860. Les Oblats de Marie Immaculée assurent ensuite la relève pendant quelques décennies. Le Collège de Saint-Boniface est incorporé officiellement en 1871. Il devient ainsi le premier établissement d'enseignement universitaire de l'Ouest canadien. Le Collège est aussi cofondateur de l'Université du Manitoba établie en 1877. Entre 1880 et 1881, Mgr Taché fait construire un nouvel édifice et demande ensuite aux Jésuites d'en prendre la direction en 1885. Malheureusement, le 25 novembre 1922, un incendie détruit le Collège. Mgr Arthur Béliveau cède alors le Petit Séminaire aux Jésuites et cet édifice sert encore de Collège aujourd'hui. En 1967, les Pères Jésuites remettent la direction du Collège à l'Archevêché de Saint-Boniface et Mgr Antoine Hacault devient recteur. En 1969 l'Archevêché cède à son tour la direction du Collège à une corporation laïque. Durant les années 1970, le cours classique s'ouvre aux humanités modernes. Les programmes universitaires offerts par le Collège universitaire de Saint-Boniface sont aujourd'hui affiliés à l'Université du Manitoba.